近年來因為飲食的西化，大腸癌高居十大癌症的第一位，因此大腸鏡的檢查也愈來愈重要。如何減輕檢查中的痛苦，除了醫師的技術外，和大腸鏡的操作方式，也大有關係。
傳統的大腸鏡檢查，採用「雙人操作法」，大腸鏡的長度為160公分，必須有助手幫忙醫師來作插入與拉出的動作，而醫師只負責控制上下左右的前進方向，及吹氣抽氣動作。經過腸道轉彎處，容易對腸壁造成擠壓形成迴圈，因此病人很不舒服。有時因為過度吹氣，造成腹脹，甚至有將腸子撐破的危險。
近幾年來，大腸鏡的操作方式，已經逐漸改為「單人操作法」，大腸鏡長度只有130公分，較傳統大腸鏡約短30公分，由一個人控制進出、轉動及抽氣的動作，醫師操作技巧較傳統雙人操作法複雜。但因為只有一個人，左右手配合容易，應變靈活，不像雙人法，助手和醫師畢竟無法心靈相通，百分之百配合。
單人操作法可以減少疼痛的原因，就是盡量打少一點的空氣進入大腸，以吸氣拉回將大腸打直、縮短，採用「以退為進」法，將前進時形成的迴圈解除，避免對腸壁的壓迫。因此，雖然人體大腸有110公分，採單人法約70~80公分即可抵達迴盲部，完成檢查！
另外，雙人操作法醫師只有負責控制大腸鏡的上下左右方向，由助手負責前進及後退方向的控制，兩個人再怎麼默契良好，也很難達到心靈相通。單人操作法則由醫師一個人左右手配合，另外右手又可以旋轉大腸鏡改變方向，比起雙人操作法，多了一個旋轉的方向改變，因此容易完成大腸鏡檢查。
大腸鏡除了長短有別，不同的粗細或軟硬，在操作上也有差別，基本而言，粗一點、硬一點的大腸鏡較不容易形成迴圈，比較好做。但是對瘦小的病人，並不適合。有些大腸鏡可以調整軟硬程度，以適應不同狀況。對於身材較高，及手長較長的醫師而言，單人操作160公分的大腸鏡可能比130公分方便，因此也未必較短的大腸鏡，適合單人操做。
除此之外，大腸鏡會造成疼痛，過度的打氣也是原因之一，因此盡量少打一點空氣，或者用二氧化碳作來打氣，都能減少疼痛及腹脹的感覺。因為二氧化碳在腸道吸收速度比一般空氣快100倍，比較不會停留在腸道，造成腹脹。
最後，還是要看檢查者的技術，及病人的耐受度，適度使用清醒鎮定藥物，來幫助醫師完成檢查，達到真正無痛的地步，目前也越來越流行，當然醫師對藥物的使用經驗與風險評估，都非常重要。
